استفاده از قسمت‌های مختلف زرشک از جمله ریشه، پوست ریشه و ساقه، برگ، گل و میوه از قرون وسطی معمول بوده است. سرخ‌پوستان میوه آن را جهت درمان کمبود ویتامین C مصرف می‌کرده‌اند. همچنین در قدیم از جوشانده گیاه جهت رفع سرفه، مشکلات روده‌ای- معدی و آکنه استفاده می‌شده است. در چند دهه گذشته حداقل بیش از 36 استفاده درمانی از گل این گیاه از جمله در فشار خون، وبا، تب، نقرس، مشکلات صفرا، اسهال، روماتیسم، مشکلات هضم (سوءهاضمه)، بیماری‌های پوستی و سرطان می‌شده است.تحقیقات جدید، ارتباط مواد موجود در ریشه و پوست گیاه را در رابطه با آثار مختلف آن بررسی و تأیید کرده‌اند. تجزیه و شناسایی مواد موجود در ریشه و پوست گیاه نشان داده است که این قسمت‌های گیاه حاوی آلکالوئیدهای مهمی بوده که مهم‌ترین آنها BERBERINE و مشتقات آن هستند که اکثر آثار دارویی این گیاه به آنها ارتباط دارد.ترکیبات موجود در اندام‌های زرشک دارای خواص دیگری از جمله ضدباکتری، ضد قارچ، ضدالتهاب و ورم، ضد اکسیدان می‌باشند که به همین دلیل داروهای تهیه شده از پوست ریشه و ساقه، و ریشه گیاه زرشک در مداوای آکنه، اگزما و عفونت‌های حاصل از قارچ کاندیدا مورد مصرف هستند. امروزه صنایع داروسازی، این آلکالوئیدها را از قسمت‌های مذکور جدا و خالص و به اشکال مختلف دارویی تبدیل کرده‌اند که در بازار دارویی جهان وجود دارند.میوه گیاه حاوی مقدار زیادی ویتامین C، قندهای مختلف و پکتین است که مقادیر بسیاری از آن در جهان به صورت مربا، ژل و عصاره‌های مختلف در می‌آید که طرفداران زیادی دارد. قسمت دیگری از میوه به طور مستقیم در تغذیه مورد مصرف است. در بعضی از منابع، از خواص صفراآور میوه‌های زرشک نام برده شده که از قدیم نیز مورد استفاده بوده است.